Michel i jego młodszy brat Charly dorastają w Belgii w latach 60-tych. Obaj wiedzą, że ich tata skrywa tajemnicę, o której nie chce nikomu powiedzieć. To milczenie rzuca cień na szczęśliwe życie rodzeństwa. Chłopcy wiedzą tylko, że ich ojciec przyjechał do Belgii, kiedy miał 20 lat i tu założył rodzinę. Michel i Charly czują jednak, że muszą poznać problemy, z którymi ich tata zmagał się w dzieciństwie, aby móc wyrosnąć na silnych i niezależnych ludzi. Nadszedł czas, aby uwolnić się od przeszłości. "Sekrety mojego taty" to nie rozrachunek z historią. To film, który odtwarza decydujące momenty dzieciństwa spędzonego w cieniu Holokaustu oraz podróży z Belgii do Ziemi Obiecanej – wypełnione zarówno tragizmem, jak i radosnymi chwilami. To autobiograficzna opowieść słynnego izraelskiego pisarza i rysownika, Michela Kichki, który jest synem mężczyzny, który jako jedyny ocalał ze swojej rodziny. To także animacja o transformacyjnej mocy, jaką sztuka odgrywała w relacjach artysty z ojcem.
