Dwóch żołnierzy stacjonujących w Kazachstanie (kapitan Duke Hauser i jego partner „Ripcord”) otrzymuje rozkaz przetransportowania specjalnych głowic stworzonych przez MARS, kontrolowanego przez Jamesa McCullena producenta broni. Kiedy zostają zaatakowani przez złodziei (na czele z Anastasią DeCobray, z którą Duke ma historię), zostają uratowani przez ściśle tajną, międzynarodową jednostkę sił specjalnych znaną jako „GI Joe”. Lider GI Joe, generał Abernathy (lub Hawk) jest na tropie złodziei: złej organizacji o nazwie „Cobra”. Podczas gdy Duke i Ripcord trenują, by dołączyć do Joes, McCullen („Destro”) potajemnie pracuje dla Cobry i knuje, by odzyskać jego zjadające metal głowice „Nanomite”. Dukeo i Ripcord (z pomocą Heavy Duty, Snake Eyes i reszty Joes) muszą udowodnić, że są prawdziwymi amerykańskimi bohaterami – powstrzymując wystrzelenie tych głowic, zanim Cobra użyje ich do przejęcia władzy nad światem.