W niedalekiej przyszłości narządy ludzkie zostaną wzmocnione przez technologię cybernetyczną opracowaną przez potężną firmę Hanka Robotics Corporation należącą do Cuttera. Dr Ouelet jest odpowiedzialny za opracowanie tajnego projektu 2571 pełnego mechanicznego ciała, które ma być połączone z ludzkim mózgiem. Używa mózgu młodej kobiety, która straciła rodziców w cyberataku, jako przedmiotu prototypu. Rok później kobieta uzyskała stopień majora i dołączyła do Sekcji 9, dywizji antyterrorystycznej dowodzonej przez szefa Daisuke Aramaki, współpracującej z agentami Batou i Togusą. Musi użyć lekarstwa, które pomoże jej zintegrować swój mózg z mechanicznym ciałem i nie ma żadnych wspomnień z poprzedniego życia. Kiedy Sekcja 9 poluje na terrorystę Kuze, Major poznaje sekrety Hanki Robotics i eksperymentu, który jej poddano. Teraz mierzy się ze swoim największym wrogiem: Kuze, przestępcą, któremu udało się włamać do mózgów androidów i kontrolować je.
