Pięć cichych lat po pierwszym zauważeniu MUTO i katastrofalnych wydarzeniach, które prawie zrównały San Francisco w Godzilli (2014), potężny generator bioakustyczny dr Emmy Russell, Orca, powoduje przebudzenie na całym świecie Tytanów Pustej Ziemi. Gdy starożytni, od dawna uśpieni giganci wynurzają się jeden po drugim, radykalny ekoterrorysta, pułkownik Alan Jonah, dostaje w swoje ręce urządzenie audio, zdecydowane przywrócić w naturze równowagę; jednak to, co zaczęło się jako niebezpieczna, ale logiczna teoria, teraz grozi unicestwieniem całego gatunku ludzkiego. W rezultacie ostateczny Kaiju i Król Potworów, Godzilla, musi stoczyć walkę z wszechmocnym, plującym piorunami pretendentem do tytułu: trójgłowym Potworem Zero, Ghidorah. Czy Godzilla jest obrońcą ludzkości czy jej wrogiem?