Po otwierającym oczy spotkaniu trzeciego rodzaju, najnowszy rekrut tajnej organizacji MiB, Agent M, znajduje się pod skrzydłami bohaterskiego agenta H w kosmopolitycznym Londynie, gdy zmiennokształtny duet międzygalaktycznych zabójców zabija obcego arystokratę. Teraz, z niszczycielską superbronią masowego rażenia ukrytą gdzieś na Ziemi, Ludzie w Czerni nie pozostawią żadnego kamienia, by ją odzyskać. Jednak ciężkie chmury nieufności i zapach zdrady spowijają niegdyś nieprzekupną agencję. Czy pośród nich jest dobrze umiejscowiony kret?