Historia zaczyna się, gdy „Don” Vito Corleone, głowa „rodziny” nowojorskiej mafii, nadzoruje ślub córki z żoną Carmelą. Jego ukochany syn Michael właśnie wrócił do domu z wojny, ale nie zamierza stać się częścią biznesu ojca. Przez życie Michaela staje się jasny charakter rodzinnego biznesu. Interes rodziny jest taki sam, jak głowa rodziny, życzliwa i życzliwa dla tych, którzy dają szacunek, ale oddana bezwzględnej przemocy, gdy cokolwiek sprzeciwia się dobru rodziny. Don Vito żyje na sposób starego kraju, ale czasy się zmieniają i niektórzy nie chcą podążać starymi drogami i szukać wspólnoty i „rodziny”. Wschodzący i nadchodzący rywal rodziny Corleone chce zacząć sprzedawać narkotyki w Nowym Jorku i potrzebuje wpływu dona, aby zrealizować swój plan. Zderzenie zanikających wartości starego świata Dona z nowymi drogami będzie wymagało straszliwej ceny, zwłaszcza od Michaela, a wszystko to dla dobra rodziny.

Kontynuacja sagi „Ojciec chrzestny” z dwoma głównymi elementami: ciągłą historią rodziny Corleone, w szczególności Michaela, oraz historią Vito Corleone (ojca Michaela). Jeśli chodzi o trwającą historię Michaela Corleone, minęło około siedmiu lat od wydarzeń, które zakończyły Ojca Chrzestnego. Dzięki morderstwom głów pozostałych czterech rodzin z Nowego Jorku i New Jersey, rodzina Corleone ma niepodważalną kontrolę w Nowym Jorku. Przeprowadzka do Nevady przebiegła gładko, a Michael Corleone kontroluje kilka hoteli i kasyn w stanie. Frank Pentageli, człowiek, który kieruje interesami Michaela w Nowym Jorku, przychodzi do Michaela, pytając, czy może wyeliminować braci Rosato, ponieważ naruszają oni interesy Pentageli i interesy biznesowe. Jednak Rosato są wspierani przez Hymana Rotha, partnera biznesowego Michaela i wieloletniego sojusznika ojca Michaela, Vito Corleone, a Michael odmawia. Próba zamachu ma następnie miejsce na życiu Michaela, w jego własnym domu. Michael bada, kto próbuje go zabić, i podejrzewa, że ​​w jego rodzinie jest zdrajca. Tymczasem. Michael i Hyman Roth lecą na Kubę, aby sfinalizować tam pewne interesy. Kubańska podróż ujawnia wszystko. W historii przeplatanej z teraźniejszością widzimy kulisy Vito Corleone. Od tego, jak jego rodzice i brat zostali zamordowani przez dona w ich rodzinnym mieście Corleone na Sycylii, po jego ucieczkę jako chłopiec do Nowego Jorku, jego dorosłe życie i awans na dona Corleone.

Jest rok 1979, około 22 lata od wydarzeń z Ojca Chrzestnego II. Dla Michaela Corleoune przejście do legalności jest zakończone: biznes przestępczy w Nowym Jorku został przekazany Joeyowi Zasa, a wszystkie elementy imperium biznesowego Corleone są legalnymi, nie-kryminalnymi przedsięwzięciami. Michael, dobiegający 60 lat, myśli teraz o swoim dziedzictwie. Jego organizacja charytatywna, prowadzona przez jego córkę Mary, właśnie przekazała Kościołowi katolickiemu 100 milionów dolarów. Michael zamierza również kupić duży udział w International Immobiliari, prowadzonej przez Watykan firmie zajmującej się nieruchomościami. Sytuacja jest spokojna i stabilna, ale wtedy Vincent Mancini, nieślubny syn Sonny'ego Corleone, zaczyna spór z Joeyem Zasą. Ma to dalekosiężne, śmiertelne konsekwencje, w tym dla układu Michaela z Watykanem.