W zestawieniu z wirusem z 2011 roku, który zabija 99% światowej populacji, a w ostatnim mieście na Ziemi, Bregnie, ocaleni, około czterysta lat później, w roku 2415, nadal żyją w dynastii Goodchild, nazwanej naukowiec, który opracował lekarstwo. Nie wszystko jest dobrze w tej utopii i to nie to, co leży za jej wysokimi murami, chroni jej obywateli przed niekończącą się dżunglą, ale to niewypowiedziane, niepisane tabu, które trzyma i wiąże razem tych nieszczęśników, które leży w tych murach paranoi, konformizmu i niekwestionowane posłuszeństwo. Jak na ironię, nakręcona w Berlinie i okolicach jest to opowieść o totalitarnym państwie, otoczonym murami mieście, w którym jego narody nie są już w stanie odtworzyć, i jego złowieszczym i najbardziej tajnym wątku, w jaki sposób podtrzymuje życie. Æon Flux to zabójca, któremu podziemni rebelianci wyznaczyli, aby na zawsze zmienić bieg ludzkości. Oto historia jej walki o sprawiedliwość, wolność i zemstę.