Bohaterami są dwaj bracia Alphonse i Edward, synowie utalentowanego alchemika. Niestety, ich szczęście nie trwało długo. Po odejściu ojca bracia pozostali jedynie z matką. Kiedy ta umarła młodzi adepci alchemii zrobili coś, czego robić nie powinni - nie pomni praw rządzących alchemią usiłowali użyć jej na człowieku. Konsekwencje tego czynu były straszne. W wypadku Alphonse stracił ciało i tylko cudem jego bratu udało się zatrzymać jego duszę w stojącej w pobliżu zbroi. Z kolei Edward stracił rękę i nogę. Akcja filmu kinowego rozpocznie się w Wiedniu w roku 1923, dwa lata po tym, jak Edward w magiczny sposób został przeniesiony do naszego świata zostawiając za sobą swojego brata. Nigdy o nim jednak nie zapomniał i kiedy dowiaduje się, że powiązana z nazistami grupa mistyków odkryła tajemnicze miejsce o nazwie Shambala umożliwiające podróż pomiędzy światami, postanawia włączyć się do akcji. Tymczasem w własnym świecie Alphonse również poszukuje sposobu na ponowne spotkanie z bratem.