Rzecz się dzieje w 1327 roku. Po tajemniczej śmierci zakonnika w benedyktyńskim klasztorze wybucha wśród braci panika, strach przed nadchodzącą apokalipsą. Aby uspokoić przerażonych mnichów, opat (Michael Lonsdale) prosi o pomoc przy rozwiązaniu zagadki franciszkanina Wilhelma z Baskerville (Sean Connery). Kolejne zabójstwa komplikują śledztwo.