Dziesięć lat po tym, jak ujawnił Operację Blackbriar (jak widać w Ultimatum Bourne'a) i zniknął, Jason Bourne w końcu wyzdrowiał z amnezji, izolując się od świata i zarabiając na życie, biorąc udział w dzikich walkach na gołe pięści. W Reykjaviku Nicky Parsons, który współpracował z grupą haktywistów kierowaną przez Christiana Dassaulta, włamuje się do głównego komputera CIA w celu ujawnienia swoich programów typu black ops. To alarmuje Heather Lee, szefową działu operacji cyberbezpieczeństwa agencji i dyrektora CIA Roberta Deweya. W tym procesie Parsons znajduje dokumentację dotyczącą rekrutacji Bourne'a do Treadstone i roli jego ojca w programie. Wyjeżdża do Aten, aby go znaleźć i poinformować..