Akcja filmu rozgrywa się w 2034 roku, dwa lata przed wydarzeniami z serialu Ghost in the Shell: Stand Alone Complex 2nd Gig. Sekcja 9 w znacznie rozszerzonym składzie (służyć w niej będzie ponad 20 nowych oficerów) będzie musiała stawić czoło nieuchwytnemu hakerowi.