W feudalnej Japonii 12-letni Kubo z przepaską na oku opiekuje się chorą matką Sariatu (która nosi bliznę na lewym oku w wyniku wypadku żeglarskiego na początku filmu) w górskiej jaskini niedaleko małej wioski . Zarabia na życie, magicznie manipulując origami z muzyką dla mieszkańców miasta, opowiadając historię swojego zaginionego ojca Hanzo, samurajskiego wojownika. Kubo nigdy nie jest w stanie dokończyć swojej opowieści, ponieważ nie wie, co stało się z Hanzo, a sama jego matka nie może sobie przypomnieć zakończenia z powodu pogarszającego się stanu psychicznego. Sariatu ostrzega go, aby nie przebywał na zewnątrz po zmroku, ponieważ jej siostry, Karasu i Washi oraz jego zrażony dziadek, Księżycowy Król (który zabrał mu oko, gdy był dzieckiem) znajdą go i zabiorą mu pozostałe oko.