Podłączony do Matrixa, nawet o tym nie wiedząc, wymyślny, wszechobecny system komputerowy zaprojektowany do manipulowania wolną wolą, samotny haker Thomas Anderson, znany również jako Neo, wkrótce dozna rewelacji, która otwiera oczy. Nawiedzany przez palące, niewypowiedziane pytania, Neo krzyżuje ścieżki z odzianą w skórę cyberbuntowniczką Trinity i inspirującym przywódcą Morfeuszem, którzy twierdzą, że posiadają odpowiedzi na temat jego uwięzionej egzystencji. Stopniowo, gdy Neo wpada do króliczej nory, szokująca prawda o sztucznej krainie snów wyłania się na jaw, przykuwając uwagę agentów: świadomych programów strzegących wszystkich drzwi. Ale skoro ludzie są tak beznadziejnie zależni od systemu, co trzeba zrobić, aby odłączyć i uciec z Matrixa?

Kontynuacja kultowego "Matrixa". "Matrix Reaktywacja" zaczyna się w momencie, w którym kończyła się pierwsza część. Maszyny dokonały brzemiennego w skutkach odkrycia: poznały lokalizację Zion, ostatniego miasta ludzi, ukrytego w pobliżu jądra Ziemi. Za 72 godziny tysiące Strażników - kałamarnicowatych maszyn znanych z pierwszej części - przebiją się do miasta. Jedyną nadzieją ludzi jest odnalezienie tajemniczej postaci, znanej jako Twórca Kluczy, chronionej przez parę uzbrojonych w noże Bliźniaków, nienaturalnie białych zabójców, potrafiących znikać i pojawiać się jak duchy.

W finale trylogii "Matriksa" Neo (Keanu Reeves) podejmuje ostateczny krok w poszukiwaniu prawdy. Bohater zapadł w śpiączkę, przez którą jego umysł ugrzązł pomiędzy światem Matriksa a rzeczywistością. Trinity (Carrie-Anne Moss) za wszelką cenę stara się go wyciągnąć z letargu. Morfeusz (Laurence Fishburne) z kolei zmaga się z wątpliwościami, czy ten, komu zaufał, nie okazał się systemem sterowania wynalezionym przez architektów Matriksa. Tymczasem, armia maszyn zbliża się do Syjonu, ostatniej ludzkiej osady. Jej obywatele organizują taktykę obronną. W międzyczasie Smith (Hugo Weaving), były agent systemu, wymyka się spod władzy maszyn i rozpoczyna przejmowanie kontroli w Matriksie.

Cierpiący na namacalne urojenia, wypalony Thomas Anderson, wielokrotnie nagradzany twórca serii gier wideo The Matrix (1999), teraz polega na silnych niebieskich pigułkach, aby powstrzymać swoje wewnętrzne demony. Następnie, pośród niewytłumaczalnych, przeczących rzeczywistości wizji, Thomas dostrzega Tiffany, znajomo wyglądającą idealną nieznajomą, która wywołuje dziwne emocje, a jego i tak już kruchy stan psychiczny zaczyna się pogarszać. Gdy pan Anderson, balansując na krawędzi depresji, tęskni za wyjaśnieniem, po raz kolejny staje przed palącym dylematem i ciężarem wyboru. Z jednej strony błoga ignorancja gwarantuje iluzję bezpieczeństwa. Z drugiej strony nieznośna prawda rzeczywistości może oznaczać tylko jedno: dopracowany Matrix wykracza poza granice wyobraźni. Ale jakoś Thomas już wie, co musi zrobić. Czy jednak chce wiedzieć, jak głęboko sięga królicza nora?