Główny bohater, Michele (Ludovico Girardello), który ma teraz 16 lat, odkrywa swoją ciemną stronę i zdolność do bycia złośliwym. Spotkanie Michele, jego biologicznej matki, Yeleny (Ksenia Rappoport) i tajemniczej Natashy (Galatea Bellugi), przekreśli istnienie chłopca. W drugim rozdziale Niewidzialnego chłopca pojawiają się nowe postacie - superbohaterowie zwani "specjalistami": Cinetica (Katia Mironova), Roccia (Mikolai Chroboczeck), Morfeo (Dario Cantarelli), którzy łączą siły z Yeleną i Natashą, aby się zemścić ich wspólny wróg Igor Zavarov (Kristof Konrad), bezwzględny rosyjski potentat, który uwięził superbohaterów, aby uchwycić sekret ich specjalnych mocy.