Po uratowaniu życia ich prawowitego spadkobiercy, wytrwały samotnik Snake Eyes zostaje powitany w starożytnym japońskim klanie zwanym Arashikage, gdzie uczy się sposobów wojownika ninja. Ale kiedy ujawnione zostaną sekrety z jego przeszłości, honor i lojalność Snake Eyes zostaną wystawione na próbę - nawet jeśli oznacza to utratę zaufania najbliższych mu osób.