"Prymasa" rozpoczyna scena uprowadzenia Kardynała Wyszyńskiego z Pałacu Prymasowskiego. Równocześnie z więzienia w Rawiczu zostaje zabrany więziony tam za nauczanie religii ksiądz Stanisław, a z więzienia w Grudziądzu współpracująca ze strażnikami, zastraszona zakonnica Leonia... Oboje będą stanowić swoistą "świtę" Prymasa w miejscu odosobnienia w Stoczku Warmińskim. Podsłuchiwany i szpiegowany Kardynał, manipulowany przez Komendanta, ma się załamać. Plan władz PRL zawiera także drastyczniejsze środki... Prymas próbuje zrozumieć dramatyczną sytuację, w której się znalazł on, Kościół Katolicki i cała Polska. Nie ocenia, nie szuka winnych... Ksiądz Stanisław, wbrew woli Prymasa, nie tylko podejrzewa Leonię o współpracę z Komendantem, ale znajduje na to dowody. Udaje mu się przekazać na zewnątrz informację o miejscu uwięzienia Wyszyńskiego. Liczy, że dzięki temu plany oprawców ulegną zmianie. Czy diabelski "wariant trzeci" wprowadzony przez Bieruta uda się zrealizować?