Alice budzi się z okropnego snu i stwierdza, że spełniły się jej najgorsze obawy — krwiożerczy Nieumarli, o którego zniszczenie walczyła wraz z oddziałem elitarnych sił zbrojnych, zostali spuszczeni ze smyczy na miasto otaczające tajną placówkę Korporacji Umbrella. Odkrywając, że była eksperymentem Umbrella, Alice została bio-genetycznie wzmocniona o nowe mocne strony, zmysły i zręczność - i będzie ich potrzebować. W sercu spustoszonego Raccoon City mała grupa niezainfekowanych ludzi, w tym Jill Valentine, niedawno zdegradowana członkini elitarnego zespołu ds. Nieumarli oraz bardziej śmiercionośni i szybsi Lickerzy. Nie mając szczęścia i zasobów, grupa zostaje uratowana przez Alice i zaczynają toczyć ekscytującą bitwę o przetrwanie i ucieczkę, zanim Korporacja Umbrella wymaże swój eksperyment z powierzchni ziemi. Ich jedyna nadzieja leży gdzieś w Raccoon City - dr Charles Ashford, jeden z czołowych naukowców Korporacji Umbrella, pomoże Alice i pozostałym bezpiecznie uciec z miasta - jeśli znajdą jego córkę. Angie Ashford została oddzielona od ojca i teraz ukrywa się ze strachu. Aby ją uratować, Alice, Jill i Carlos będą musieli przebić się przez armię nieumarłych. Przez cały czas tajna broń o kryptonimie Nemesis była eksperymentalnie modyfikowana z większymi modyfikacjami niż Alice i została zaprogramowana do śledzenia i niszczenia ich. Będą potrzebować wszystkich swoich mocnych stron i umiejętności, aby stoczyć bitwę swojego życia z bezmyślnym złem, które zainfekowało miasto i potężnymi siłami, które spuściły je na ludzkość.