W bagnie żył olbrzym Shrek, którego cenna samotność została nagle zakłócona inwazją dokuczliwych postaci z bajek. Ślepe myszki buszują w zapasach olbrzyma, zły wilk sypia w jego łóżku, a trzy świnki buszują po jego samotni. Wszystkie te postaci zostały wypędzone ze swego królestwa przez złego Lorda Farquaada. Zdecydowany ocalić ich dom - nie mówiąc już o swoim - Shrek porozumiewa się z Farquaadem i wyrusza na ratunek pięknej księżniczce Fionie, która ma zostać żoną Lorda. W misji towarzyszy mu przemądrzały Osioł, który zrobi dla Shreka wszystko z wyjątkiem... przestania mielenia ozorem. Ocalenie księżniczki przed ziejącym ogniem smokiem okazuje się być najmniejszym problemem przyjaciół, kiedy to zostaje odkryty głęboko skrywany, mroczny sekret Fiony.

Zbliża się Wigilia Bożego Narodzenia. Shrek marzy o tym, by nacieszyć się spokojem domowego ogniska. Każdy ulega euforii, jedynie Shrek nie poddaje się emocjom, bo nie znosi świąt. Aby jednak nie sprawić Fionie i dzieciom zawodu, postanawia zaangażować się w przygotowania. Udaje mu się zdobyć poradnik dla tych, którzy m.in. nie wiedzą, jak zorganizować święta. Shrek szykuje dom i rodzinę do Bożego Narodzenia. Osioł, Kot w Butach i Ciastek obserwują jego wysiłki z dezaprobatą. Zażenowani niezdarnością ogra postanawiają pomóc.

Po powrocie z miesiąca miodowego Shrek i Fiona postanawiają odwiedzić rodziców księżniczki, do których dotarła jedynie wiadomość o ślubie ich córki z prawdziwą miłością jej życia. Młoda para rusza więc do królestwa Zasiedmiogórogrodu. Problem jednak w tym, że rodzice Fiony w ogóle nie zdają sobie sprawy z ciążącej na niej klątwy. W związku z tym są pewni, iż poślubiła ona kogoś z wyższych sfer, kawalera pokroju Lorda Farquaada - władcy rządzącego zasobnym państwem. Jakież więc jest zdziwienie, kiedy ich zięć okazuje się ważącym ponad 300 kilogramów zielonym ogrem nie przywiązującym wagi do higieny, któremu w dodatku towarzyszy gadający osioł.

Historii zielonego ogra ciąg dalszy. Ojciec Fiony zaakceptował ostatecznie swojego zięcia, zdecydował nawet, że Shrek i Fiona mają pełnić obowiązki panującej pary królewskiej. Oboje nie czują jednak się w tej roli najlepiej, a Shrek z miłą chęcią wróciłby na swoje bagno. Król postanawia więc, że jeśli odnajdą następcę tronu, który obejmie rządy i godnie ich zastąpi, będą mogli opuścić królestwo i żyć własnym życiem. Odpowiednim kandydatem na króla jest siostrzeniec królowej Lilian, książę Artie. Shrek wyrusza, razem ze swoimi wiernymi druhami: Osiołkiem i Kotem w butach, w daleką podróż, aby odnaleźć i przekonać zbuntowanego Artiego, że powinien zasiąść na tronie. Tymczasem, podczas nieobecności Shreka w królestwie, Książę z bajki przeprowadza zamach stanu. Fiona organizuje ruch oporu, który ma przeciwstawić się uzurpatorowi do czasu, aż Shrek, Osiołek, Kot w butach i przyszły król Artur powrócą z podróży.

Czym zajmują się ogry, kiedy już rozprawią się ze straszliwym smokiem, poślubią piękną królewnę i ocalą królestwo teścia? Shrek został pantoflarzem. Małorolni nie uciekają już przed nim z krzykiem. Dziś proszą, żeby podpisał im się na widłach. Tęskniąc za czasami, kiedy "żył jak na ogra przystało", Shrek nieopatrznie zawiera pakt z podstępnym Rumplesnickim i ląduje w rządzonej przez niego, spaczonej, alternatywnej wersji Zasiedmiogórogrodu. Tu na ogry się poluje, a Shrek i Fiona nigdy się nie spotkali. Czy Shrekowi uda się odwrócić zaklęcie, uratować przyjaciół i odzyskać ukochaną?

Lord Farquaad został zjedzony przez smoczycę, ale jego duch powrócił. Zjawa jest tak samo zła i podła jak król przed pożarciem. Z pomocą Theloniousa porywa Fionę. Shrek i osioł wyruszają, aby ją ocalić. Pomaga im w tym smoczyca. Muszą się spieszyć, zanim Fiona spadnie na tratwie z wodospadu.