Kilka lat po tym, jak Benjamin Franklin Gates (Nicolas Cage) znalazł Templariuszy i stał się bogaty i sławny. Teraz inny poszukiwacz skarbów, Mitch Wilkinson (Ed Harris), znalazł brakującą stronę dziennika Johna Wilkesa Bootha, który zawiera wskazówki dotyczące lokalizacji zaginionego miasta ze złota. Ben musi konkurować z Mitchem, aby odnaleźć zaginione miasto , jedzie do Francji i Wielkiej Brytanii, aby znaleźć inne wskazówki, a nawet zajrzeć do tajnej księgi prezydenta, aby złożyć elementy układanki, jego rodzice i przyjaciele również pomagają Benowi znaleźć zaginione miasto i być o krok przed Mitchem.