20 lat po pokonaniu kosmitów, którzy najechali Ziemię, świat jest prawie Utopią, w której technologia zabrana kosmitom uczyniła planetę rajem. Zbudowali bazę na Księżycu. A gdy zbliża się rocznica, dzieją się dziwne rzeczy. Prezydent Whitmore, który 20 lat temu kierował atakiem na kosmitów, zachowuje się dziwnie i rysuje dziwne symbole. David Levinson, człowiek, który odkrył, jak pokonać kosmitów, podróżuje do Afryki, aby zbadać jeden z obcych statków, który się rozbił. Przywódca, który jest w posiadaniu statku, zabiera Levinsona i odkrywa, że wysłali sygnał o niebezpieczeństwie, zanim statek zatonął i najwyraźniej przewiercał jądro Ziemi. Lider również rysuje te same rzeczy, co Whitmore. W Strefie 51 dr Okun, który zapadł w śpiączkę 20 lat po telepatycznym zaatakowaniu przez kosmitę, budzi się i zaczyna rysować to samo, co Whitmore. Whitmore próbuje ostrzec wszystkich, że kosmici wracają. I rzeczywiście, statek kosmiczny pojawia się tuż obok księżyca. Statek różni się od statku kosmitów. Prezydentowi doradza się zestrzelenie go, ale Levinson uważa, że nie powinni. Prezydent wydaje rozkaz i go zestrzeliwuje. Levinson chce polecieć na Księżyc, ale prezydent chce, żeby wziął udział w obchodach rocznicy. Levinson prosi córkę Whitmore, aby poprosiła swojego chłopaka, który jest jednym z tych w bazie księżycowej, aby go odebrał. Lecą na Księżyc, a on sprawdza statek i coś znajduje. Bierze go i zabiera do Strefy 51. W tym samym czasie pojawia się statek obcych, taki jak ten, który zaatakował planetę 20 lat temu i atakuje planetę. Levinson przybywa do Strefy 51 i przekazuje rzecz Okunowi. Przybywa Whitmore i razem z Okunem i Afrykaninem porównują notatki i wywnioskują, dlaczego kosmici przybyli na Ziemię 20 lat temu. A teraz wrócili, aby dokończyć pracę.
