Mały zespół najemników przybywa na opuszczoną Isla Nublar, aby zebrać DNA ze szczątków Indominus Rex na dnie laguny parku. Po udanym zebraniu fragmentu kości ocaleni z zespołu ledwo uciekli z wyspy po atakach Mosasaurusa i Tyrannosaurus Rex. Przesłuchanie w Senacie USA w Waszyngtonie debatuje nad tym, czy dinozaury z Isla Nublar należy uratować przed zbliżającą się erupcją wulkanu. Matematyk dr Ian Malcolm zeznaje, że dinozaurom powinno się pozwolić zginąć, aby naprawić błąd Johna Hammonda dotyczący ich klonowania. W międzyczasie były kierownik operacyjny Jurassic World, Claire Dearing, założył Grupę Ochrony Dinozaurów, aby ratować zwierzęta. Po tym, jak Senat orzeka przeciwko ratowaniu dinozaurów, były partner Hammonda, Benjamin Lockwood, wzywa Claire do swojej posiadłości w północnej Kalifornii. Lockwood i jego adiutant Eli Mills ujawniają plan przeniesienia dinozaurów do nowego sanktuarium na wyspie. Claire jest potrzebna, aby pomóc reaktywować system śledzenia dinozaurów w parku, aby zlokalizować zwierzęta, w szczególności Blue, ostatniego żyjącego Velociraptora. Chociaż są w separacji, Claire rekrutuje byłego trenera Velociraptorów Jurassic World i alfa Blue, Owena Grady'ego, aby pomóc jej schwytać.