W uniwersum Lego Batman nadal chroni Gotham City i walczy z przestępczością. Podczas swojej ostatniej misji powstrzymania Jokera przed zniszczeniem miasta, ranił uczucia swojego arcyrywala, mówiąc mu, że nie jest tak ważny w jego życiu, jak mu się wydaje, co prowadzi Jokera do szukania na nim ostatecznej zemsty. Następnego dnia alter ego Batmana, Bruce Wayne, bierze udział w zimowej gali, która świętuje zarówno odejście komisarza Gordona na emeryturę, jak i objęcie funkcji nowego komisarza policji jego córki Barbary. policja do funkcjonowania bez konieczności Batmana. Bez ostrzeżenia Joker rozbija imprezę z innymi złoczyńcami miasta, z których wszyscy się poddają, z wyjątkiem Harley Quinn, która znika podczas zamieszania. Podejrzewając, że jego arcy-rywal coś knuje, Batman planuje ukraść projektor Supermana Strefy Widmowej, urządzenie, które może wygnać każdego do Strefy Widmowej, w której znajdują się jedni z najniebezpieczniejszych złoczyńców w wieloświecie Lego.