Jest rok 1979, około 22 lata od wydarzeń z Ojca Chrzestnego II. Dla Michaela Corleoune przejście do legalności jest zakończone: biznes przestępczy w Nowym Jorku został przekazany Joeyowi Zasa, a wszystkie elementy imperium biznesowego Corleone są legalnymi, nie-kryminalnymi przedsięwzięciami. Michael, dobiegający 60 lat, myśli teraz o swoim dziedzictwie. Jego organizacja charytatywna, prowadzona przez jego córkę Mary, właśnie przekazała Kościołowi katolickiemu 100 milionów dolarów. Michael zamierza również kupić duży udział w International Immobiliari, prowadzonej przez Watykan firmie zajmującej się nieruchomościami. Sytuacja jest spokojna i stabilna, ale wtedy Vincent Mancini, nieślubny syn Sonny'ego Corleone, zaczyna spór z Joeyem Zasą. Ma to dalekosiężne, śmiertelne konsekwencje, w tym dla układu Michaela z Watykanem.