Jest rok 2035, 10 lat po Bitwie o Wyłom, w której zamknięty został międzywymiarowy portal stworzony przez Prekursorów (przez który wysłali grasującego Kaiju). Były pilot Jaegera Jake Pentecost, syn bohatera Battle of the Breach, Stackera Pentecost, zarabia na życie, kradnąc i sprzedając części Jaegera na czarnym rynku w okolicach Los Angeles. Po tym, jak namierza część uszkodzonego rdzenia energetycznego Jaegera w tajnym warsztacie 15-letniej entuzjastki Jaegera, Amary Namani, obaj zostają aresztowani przez Korpus Obrony Pacyfiku (PPDC) po kłótni między małym, jednoosobowym pilotem Amary Jaeger Scrapper i Police Jaeger November Ajax. Holograficzna transmisja przybrana siostra Jake'a i sekretarz generalny PPDC Mako Mori przekonuje go do powrotu na PPDC jako instruktor, z Amarą jako rekrutem.

Ocean Spokojny kryje w sobie wiele tajemnic, lecz nikt się nie spodziewał, że na jego dnie znajduje się zagadkowy, prowadzący do innego wymiaru portal. Pod koniec 2012 roku wyłaniają się z niego ogromnych rozmiarów potwory, które niszczą przybrzeżne miasta i rozpoczynają niszczycielską wędrówkę w głąb lądu, pozostawiając po sobie jedynie zgliszcza. W celu pokonania niebezpieczeństwa wojsko rozpoczyna pracę nad programem "Jaeger", mającym na celu stworzenie gigantycznych mechów bojowych, które operowane przez pary pilotów będą w stanie pokonać bestie.