Podczas walki między Tłustym Krabem a Planktonem tajna formuła znika i całe Bikini Dolne popada w straszliwą apokalipsę. Bikini Bottomites szaleją i wszyscy wierzą, że Spongebob i Plankton ukradli sekretną formułę. Dwaj nowi koledzy z drużyny tworzą wehikuł czasu, aby zdobyć tajną formułę, zanim zniknie, a także udają się do kilku dziwnych miejsc po drodze, w tym do paraleksu czasu, w którym spotykają czarodzieja czasu o imieniu Bubbles, który jest delfinem. Dwaj później docierają do momentu, w którym formuła zniknęła, i wracają do obecnego czasu. Wtedy zdali sobie sprawę, że to fałszywa formuła, którą Plankton zrobił, kiedy wziął prawdziwą, a Bikini Bottomites próbują zniszczyć Spongeboba (Plankton ucieka). ) i docierają do brzegu powierzchni. Wszyscy poza Spongebobem, Patrickiem, Panem Krabem, Skalmarem, Sandy i pasażerem na gapę Plankton wracają do domu, podczas gdy sześć pozostałych postaci wita Bąbelki, które zabierają ich na powierzchnię, gdzie pirat sprzedaje kraboburgery. Zespół dowiaduje się, że potrafi pisać w magicznej księdze, a to sprawi, że wszystko, co w niej napiszą, stanie się prawdą. Postanawiają zamienić się w superbohaterów i walczyć z piratem. Tymczasem Plankton również pisze się jako superbohater.