W burzliwą noc załoga łodzi rybackiej wyciąga młodego człowieka z Morza Śródziemnego. Myśląc, że młody człowiek nie żyje, ciekawski rybak ze skalpelem znajduje dwie kule w jego plecach i miniaturowe urządzenie laserowe w biodrze. Laser ujawnia numer konta w szwajcarskim banku. Ale nasz mokry bohater nie jest martwy i wkrótce znajduje się w Zurychu. W skarbcu bankowym młody człowiek odkrywa swoje imię, Jason Bourne. Ponadto znajduje zaskakujący stos różnych paszportów, wszystkie ze swoim zdjęciem, oraz ogromną stertę gotówki. W ambasadzie USA Jason Bourne odkrywa swoją ukochaną i partnerkę w podróży, Marie, a także fakt, że ktoś chce go zabić. Uzbrojony w torbę pieniędzy i tajemnicze umiejętności w sztukach walki, z Marie u boku, Bourne przeczesuje Paryż w poszukiwaniu wskazówek na temat swojej tożsamości i przeszłego życia... i znajduje się w środku dwóch spisków zabójstwa, których akcję ma CIA.