Film zaczyna się od retrospekcji do młodego chłopca Thomasa, który został podwieziony przez matkę i zabrany przez naukowca Ava Paige i oddziały organizacji o nazwie WCKD wraz z innymi porzuconymi dziećmi. WCKD umieszcza dzieci w otoczonym murem labiryncie na polanie w ramach badań naukowych. Wiele lat później, wkrótce po uratowaniu z Labiryntu, Thomas i pozostali Streferzy – Teresa Agnes, Newt, Minho, Patelniak i Winston – zostają zabrani do obiektu prowadzonego przez pana Jansona. Wyjaśnia, że obiekt jest bezpiecznym schronieniem, chroniącym ich przed WCKD, wirusem Flare i „Cranks”, oraz zapewnia im ubrania, żywność i urządzenia sanitarne, w których znajdują się również inne osoby, które przeżyły wiele labiryntów. Thomas ciekawi się ich działań i udaje mu się dowiedzieć, co tak naprawdę dzieje się za zamkniętymi drzwiami. Z pomocą Arisa, pierwszego ocalałego z labiryntu, który trafił do placówki, Thomas odkrywa, że przywódczyni WCKD, Ava, wciąż żyje i że pan Janson naprawdę pracuje dla WCKD, kiedy omawiają eksperymenty na Odpornościach i że Janson ma jeszcze znaleźć prawą rękę, grupę oporu zlokalizowaną w górach. Grupa, w tym Aris, ucieka z obiektu, a Janson nakazuje swoim oddziałom WCKD wyśledzić ich, gdy znajdą się w opustoszałym świecie zewnętrznym - Scorch..
