Thomas, Newt i Patelniak są ostatnimi wolnymi „Straszami” odpornymi na wirusa Flare, który pustoszył światową populację. Wraz z ruchem oporu Prawej Ręki prowadzą akcję ratunkową, podczas której odzyskują inne Immunity z pociągu należącego do WCKD, organizacji odpowiedzialnej za chwytanie i eksperymentowanie na odpornych dzieciach. Odkrywają, że Minho, ich pozostały przyjaciel Strefera, którego schwytał WCKD, nie był w tym pociągu, który zmierza do „Ostatniego Miasta”, bazy operacyjnej WCKD. Wbrew rozkazom Vince'a, przywódcy The Right Arm, cała trójka opuszcza swój obóz, by uratować Minho, który jest torturowany przez WCKD w nadziei na opracowanie leku na wirusa. Kierując się do Ostatniego Miasta, grupa zostaje zaatakowana przez Cranks, ludzi zarażonych Flare. Ratują ich jednak Jorge i Brenda, którzy do nich dołączają.