Dwa lata po tym, jak mizantropijny bonobo Koba zaatakował ocalałych ludzi w San Francisco, Cezar i jego plemię inteligentnych małp zostali zmuszeni do walki z nieuczciwą frakcją wojskową USA, znaną jako Alpha-Omega, dowodzoną przez bezwzględnego pułkownika. Alpha-Omega zatrudnia inne małpy człekokształtne, niegdyś lojalne wobec Koby, uwłaczająco nazywane „osiołkami”. Pluton Alpha-Omega rozpoczyna atak na placówkę małp, ale mu się to nie udaje i czterech żołnierzy, w tym jeden o imieniu Kaznodzieja i „osioł” o imieniu Red, zostaje schwytanych. Cezar wypuszcza żołnierzy, mając nadzieję, że okazanie miłosierdzia pokaże pułkownikowi, że małpy nie są dzikusami; Red ucieka, raniąc goryla albinosa Wintera. Później najstarszy syn Cezara Blue Eyes i porucznik Rocket wracają z długiej podróży. Blue Eyes donosi, że znaleźli na pustyni miejsce idealne dla małp. Pomimo niespokojnej Zimy, która twierdzi, że małpy powinny natychmiast odejść, Cezar postanawia, że ​​najpierw muszą się przygotować. Tej nocy pułkownik prowadzi zespół żołnierzy infiltrujących dom małp, zabijając Niebieskie Oczy i żonę Cezara Kornelię; Cezar bezskutecznie próbuje zapobiec ucieczce pułkownika. Później małpy nie są w stanie znaleźć Wintera, który ich zdaniem zdradził je ze strachu.