Żółwie nadal żyją w cieniu i nikt nie wie, że to one zniszczyły Shreddera. Wszyscy myślą, że to Vernon powalił Shreddera. April O'Neill trochę węszy i dowiaduje się, że dla Shreddera pracuje naukowiec o imieniu Baxter Stockman. Planuje go wyrwać, gdy przywozi transport. April mówi żółwiom, które próbują go powstrzymać, ale nie mogą. Stockman próbuje teleportować Shreddera, ale jakimś cudem ląduje w innym wymiarze i spotyka przywódcę o imieniu Krang, który instruuje Shreddera, aby zmontował urządzenie teleportacyjne, które wysłał na Ziemię dawno temu. Daje Shredderowi trochę mutagenu, którego używa do przekształcenia dwóch przestępców, którzy również byli z nim w transporcie, Rock Steady i Bebop, w mutanty. Następnie wyruszyli na poszukiwanie urządzenia. Kwiecień widział transformację podczas śledztwa w sprawie Stockmana. Bierze mutagen i jest ścigana przez sługusów Shreddera, Klan Piechoty. Zostaje uratowana przez mężczyznę o imieniu Casey Jones, który przewoził Shreddera. Pojawiają się Żółwie i próbują współpracować. W walce wręcz mutagen trafia na policję. Wiedząc, że Shredder spróbuje go odzyskać, April najpierw próbuje go odzyskać i prosi Verna o pomoc. W końcu ona i Casey zostają aresztowani. Żółwie dostają mutagen, a Donatello analizuje go, dowiaduje się, że może uczynić je ludźmi, co mówi Leonardo, który każe mu o tym zapomnieć i nie mówić innym. Ale Michał Anioł mówi Raphaelowi, który czuje, że Leonardo ich nie szanuje.
