Thomas, Newt i Patelniak są ostatnimi wolnymi „Straszami” odpornymi na wirusa Flare, który pustoszył światową populację. Wraz z ruchem oporu Prawej Ręki prowadzą akcję ratunkową, podczas której odzyskują inne Immunity z pociągu należącego do WCKD, organizacji odpowiedzialnej za chwytanie i eksperymentowanie na odpornych dzieciach. Odkrywają, że Minho, ich pozostały przyjaciel Strefera, którego schwytał WCKD, nie był w tym pociągu, który zmierza do „Ostatniego Miasta”, bazy operacyjnej WCKD. Wbrew rozkazom Vince'a, przywódcy The Right Arm, cała trójka opuszcza swój obóz, by uratować Minho, który jest torturowany przez WCKD w nadziei na opracowanie leku na wirusa. Kierując się do Ostatniego Miasta, grupa zostaje zaatakowana przez Cranks, ludzi zarażonych Flare. Ratują ich jednak Jorge i Brenda, którzy do nich dołączają.

Młoda dziennikarka Helena (Oriana Soika) prowadzi śledztwo w sprawie tajemniczych samobójstw. W trakcie niego wpada na trop firmy, która skupuje krew miesięczną. Ślady prowadzą do Victora, potomka nazistowskiego oficera, członka ugrupowania Vril, które prowadziło badania medyczne w obozach koncentracyjnych. Młody kabalista Jakub pomaga Helenie w jej śledztwie i przybliża jej temat Kabały i żydowskiego mistycyzmu. Helena podejrzewa, że Victor nielegalnie kontynuuje badania swojego dziadka...

Film zaczyna się od retrospekcji do młodego chłopca Thomasa, który został podwieziony przez matkę i zabrany przez naukowca Ava Paige i oddziały organizacji o nazwie WCKD wraz z innymi porzuconymi dziećmi. WCKD umieszcza dzieci w otoczonym murem labiryncie na polanie w ramach badań naukowych. Wiele lat później, wkrótce po uratowaniu z Labiryntu, Thomas i pozostali Streferzy – Teresa Agnes, Newt, Minho, Patelniak i Winston – zostają zabrani do obiektu prowadzonego przez pana Jansona. Wyjaśnia, że ​​obiekt jest bezpiecznym schronieniem, chroniącym ich przed WCKD, wirusem Flare i „Cranks”, oraz zapewnia im ubrania, żywność i urządzenia sanitarne, w których znajdują się również inne osoby, które przeżyły wiele labiryntów. Thomas ciekawi się ich działań i udaje mu się dowiedzieć, co tak naprawdę dzieje się za zamkniętymi drzwiami. Z pomocą Arisa, pierwszego ocalałego z labiryntu, który trafił do placówki, Thomas odkrywa, że ​​przywódczyni WCKD, Ava, wciąż żyje i że pan Janson naprawdę pracuje dla WCKD, kiedy omawiają eksperymenty na Odpornościach i że Janson ma jeszcze znaleźć prawą rękę, grupę oporu zlokalizowaną w górach. Grupa, w tym Aris, ucieka z obiektu, a Janson nakazuje swoim oddziałom WCKD wyśledzić ich, gdy znajdą się w opustoszałym świecie zewnętrznym - Scorch..

W mieście w północno-wschodniej Pensylwanii Keller i Grace Dover, Franklin i Nancy Birch oraz ich potomstwo – każda para z nastolatkiem i nastolatkiem – są najlepszymi przyjaciółmi. Podczas gdy obie rodziny wspólnie świętują Święto Dziękczynienia, dwie dorastające dziewczyny, Anna Dover i Joy Birch, znikają. Opierając się na wydarzeniach wcześniejszych w ciągu dnia, dwie rodziny uważają, że dziewczynki zostały uprowadzone przez tego, kto mieszka w kamperze zaparkowanym w ich sąsiedztwie. Ich przekonania umacniają się po spotkaniu z mieszkańcem kampera, Alexem Jonesem, mentalnie dziecinnym młodzieńcem, który jest wspierany pod każdym względem przez swoją nadopiekuńczą ciotkę Holly Jones i opiera się na innych późniejszych dowodach na temat Alexa, które się wyłaniają. Jednak detektyw Loki, główny śledczy policji, jest prawie pewien, że Alex nie uprowadził dziewczyn, zamiast tego początkowo podążał za tropami znanych przestępców seksualnych i pedofilów w okolicy. Ponadto Loki nie ma dowodów na to, by przetrzymywać Alexa w areszcie, co stawia go w sprzeczności, zwłaszcza z Kellerem, który jest pewien, że to Alex porwał dziewczyny. Podczas gdy Loki kontynuuje śledztwo z Kellerem, oskarżając go, że nie wykonuje swojej pracy, podążając za bezsensownymi tropami, Keller postanawia, że ​​musi wziąć sprawy w swoje ręce. Musi zdecydować, jak bardzo zaangażuje Grace, Franklin i Nancy w nakłonienie Alexa do ujawnienia, gdzie są dziewczyny, wszelkimi możliwymi sposobami. Jego decyzje dotyczące tego, kto będzie zaangażowany w nakłonienie Alexa do rozmowy, mogą zależeć od tego, jak podobnie myślący są pozostali trzej, którzy mogą być tak samo zdruzgotani jak on, ale którzy nie mogą być pewni, że Alex jest sprawcą lub odejść do tych samych skrajności, co on, aby uzyskać informacje od Alexa.

Mała Ofelia przybywa do domu nowego męża jej matki, kapitana Vidala. Dziewczynce trudno znieść surowość ojczyma. Przez przypadek Ofelia odkrywa w ogrodzie tajemniczy labirynt. Tam spotka Fauna, baśniowego stwora, który rozpozna w niej księżniczkę magicznej krainy, której grozi zagłada. Przed dziewczynką stoją jednak 3 mordercze zadania, które sprawdzą jej nieśmiertelność. Z czasem okrucieństwo zapanuje nad całym rzeczywistym światem.

Nastoletni Thomas (Dylan O'Brien) budzi się w ciemnej windzie, nie pamiętając niczego. Trafia do tajemniczej Strefy: obszaru zamieszkanego przez kilkudziesięciu innych chłopców, którzy dostali się tam w identyczny sposób. Ogromny mur otaczający teren rozchyla się każdego ranka, otwierając przejście do labiryntu. Najstarsi mieszkańcy usiłują znaleźć wyjście od dwóch lat. Nowa nadzieja pojawia się wraz z dziewczyną, Teresą (Kaya Scodelario), która trafia do Strefy w śpiączce, ściskając w dłoni tajemniczą notatkę.

Sarah musi opiekować się swoim braciszkiem. Nie jest za bardzo zadowolona i wyraża życzenie, żeby jej brat Toby zmienił się w goblina. Okazuje się, że życzenie to się ziści, tak przynajmniej twierdzi król Goblinów Jareth. Żeby uratować brata, musi zmierzyć się z królem, ale nie jest to takie łatwe, gdyż jego posiadłość jest otoczona ogromnym labiryntem, a czasu nie ma pod dostatkiem.

Smilla Jaspersen, przeszczepiona Grenlandzka, mieszka w Kopenhadze. Młody chłopak spada na śmierć z dachu jej bloku; jego śmierć jest uznawana za wypadek, ale Smilla, ekspert od lodu i śniegu, może stwierdzić po jego śladach, że przed kimś uciekał. Smilla rozpoczyna własne śledztwo, tworząc trudną przyjaźń (i być może romans) z sąsiadem, mechanikiem. Smilla odkrywa trop wskazówek, który prowadzi ją do tajemniczej korporacji, która odbyła kilka tajemniczych wypraw na Grenlandię. Czego oni szukają? Czy byli w jakiś sposób odpowiedzialni za śmierć chłopca? Odpowiedź znajdziemy na Gela Alta, zamarzniętej wyspie u zachodniego wybrzeża Grenlandii.