Kontynuacja sagi „Ojciec chrzestny” z dwoma głównymi elementami: ciągłą historią rodziny Corleone, w szczególności Michaela, oraz historią Vito Corleone (ojca Michaela). Jeśli chodzi o trwającą historię Michaela Corleone, minęło około siedmiu lat od wydarzeń, które zakończyły Ojca Chrzestnego. Dzięki morderstwom głów pozostałych czterech rodzin z Nowego Jorku i New Jersey, rodzina Corleone ma niepodważalną kontrolę w Nowym Jorku. Przeprowadzka do Nevady przebiegła gładko, a Michael Corleone kontroluje kilka hoteli i kasyn w stanie. Frank Pentageli, człowiek, który kieruje interesami Michaela w Nowym Jorku, przychodzi do Michaela, pytając, czy może wyeliminować braci Rosato, ponieważ naruszają oni interesy Pentageli i interesy biznesowe. Jednak Rosato są wspierani przez Hymana Rotha, partnera biznesowego Michaela i wieloletniego sojusznika ojca Michaela, Vito Corleone, a Michael odmawia. Próba zamachu ma następnie miejsce na życiu Michaela, w jego własnym domu. Michael bada, kto próbuje go zabić, i podejrzewa, że w jego rodzinie jest zdrajca. Tymczasem. Michael i Hyman Roth lecą na Kubę, aby sfinalizować tam pewne interesy. Kubańska podróż ujawnia wszystko. W historii przeplatanej z teraźniejszością widzimy kulisy Vito Corleone. Od tego, jak jego rodzice i brat zostali zamordowani przez dona w ich rodzinnym mieście Corleone na Sycylii, po jego ucieczkę jako chłopiec do Nowego Jorku, jego dorosłe życie i awans na dona Corleone.