Dwa lata po tym, jak mizantropijny bonobo Koba zaatakował ocalałych ludzi w San Francisco, Cezar i jego plemię inteligentnych małp zostali zmuszeni do walki z nieuczciwą frakcją wojskową USA, znaną jako Alpha-Omega, dowodzoną przez bezwzględnego pułkownika. Alpha-Omega zatrudnia inne małpy człekokształtne, niegdyś lojalne wobec Koby, uwłaczająco nazywane „osiołkami”. Pluton Alpha-Omega rozpoczyna atak na placówkę małp, ale mu się to nie udaje i czterech żołnierzy, w tym jeden o imieniu Kaznodzieja i „osioł” o imieniu Red, zostaje schwytanych. Cezar wypuszcza żołnierzy, mając nadzieję, że okazanie miłosierdzia pokaże pułkownikowi, że małpy nie są dzikusami; Red ucieka, raniąc goryla albinosa Wintera. Później najstarszy syn Cezara Blue Eyes i porucznik Rocket wracają z długiej podróży. Blue Eyes donosi, że znaleźli na pustyni miejsce idealne dla małp. Pomimo niespokojnej Zimy, która twierdzi, że małpy powinny natychmiast odejść, Cezar postanawia, że najpierw muszą się przygotować. Tej nocy pułkownik prowadzi zespół żołnierzy infiltrujących dom małp, zabijając Niebieskie Oczy i żonę Cezara Kornelię; Cezar bezskutecznie próbuje zapobiec ucieczce pułkownika. Później małpy nie są w stanie znaleźć Wintera, który ich zdaniem zdradził je ze strachu.
